Stato infiammatorio delle parti molli che compongono il cavo orale, quindi di gengive, interno delle guance, interno delle labbra, palato e lingua. La causa scatenante può essere batterica, virale o fungina, ma può essere accompagnata o aggravata da carie, gengivite, uso di alcuni farmaci, disfunzioni ormonali o metaboliche, compromissioni della flora batterica, carenza vitaminica, fumo, alcool, cibi piccanti e una scarsa igiene orale.
La principale manifestazione di stomatite è data dalle afte, piccole lesioni delle mucose.